Le Comité directeur comprend des cytopathologistes et des cytotechnicien-ne-s. Il comprend des représentants du groupement des cytotechnicien-ne-s, du groupement des médecins avec activité en cytologie et du groupement des cytopathologistes. La seule commission permanente est celle de l’examen de spécialité approfondie en cytopathologie.
La Présidente siège également dans le Comité de la Société Suisse de Pathologie.
La Présidente et la Vice-Présidente représentent la Société auprès de
l'European Federation of Cytology Societies (EFCS).
Un membre du Comité directeur représente la Société auprès de l'European Advisory Committee of Cytotechnology (EACC).
La cytologie est en outre représentée dans la Commission des Tarifs de la SSPath, par des membres de la Société.