Le Comité directeur comprend des cytopathologistes et des cytotechnicien-ne-s. Il comprend des représentants du groupement des cytotechnicien-ne-s, du groupement des médecins avec activité en cytologie et du groupement des cytopathologistes. La seule commission permanente est celle de l’examen de spécialité approfondie en cytopathologie.
Le Président siège également dans le Comité de la Société Suisse de Pathologie.
Le Président et le Vice-Président représentent la Société auprès de la Fédération Européenne des Sociétés de Cytologie (EFCS).
Un membre du Comité représente la Société auprès de la « European Advisory Committee of Cytotechnology » (EACC).
La cytologie est en outre représentée dans la Commission des Tarifs de la SSPath, par des membres de la Société.